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O Município de Santo Antônio da Alegria teve início quando o local era apenas uma fazenda, cujo nome era Cuscuzeiro e situava-se às margens do Ribeirão Pinheirinho, fazendo parte do município de Batatais até então.
O Sr. Francisco Antônio Mafra, considerado a pessoa mais importante do início de nossa história; solicitou permissão ao Dr. Joaquim Emmanuel Gonçalves de Andrade (Cônego da Catedral da Cidade de São Paulo) para que fosse iniciada a construção da capela dedicada a Santo Antônio. O Dr. J.E.G.A. concedeu-a e na década de 1860 foi construída a capela do "Cuscuzeiro", que seria o marco inicial para o que viria a surgir.
Muitos se perguntam até os dias atuais, o porquê de o município se chamar Santo Antônio da Alegria?
Santo Antônio é uma homenagem ao padroeiro da cidade (Santo Antônio de Pádua) e Alegria, se deve ao fato de que, na época muitas festas aconteciam na fazenda Cuscuzeiro, devido ao grande fluxo de tropeiros que viajavam de um estado ao outro e paravam para descansar no local.
A Capela de Santo Antônio, foi elevada, através de um oficio à categoria de Freguesia em 28 de Fevereiro de 1866. Sendo assim passou a ser freguesia da vila de Batatais. Tornando-se município no dia 10 de Março de 1885, sendo instalado no dia 07 de Abril de 1890.